Zygmunt Jordan urodził się 2 maja 1824 roku, różne źródła podają różne miejsca (Warszawa, Tuszyn lub Tuchowo). Pochodził z niegdyś wpływowej, małopolskiej rodziny szlacheckiej herbu Trąby, której świetność przypadała na XVI wiek. Był synem Apolonii z Milewskich i Ludwika, generała brygady armii Królestwa Polskiego, właściciela wsi Dziaduszyce koło Miechowa.
Jordan od dzieciństwa interesował się wojskowością. Kształcił się w Warszawie, następnie ukończył prestiżowe Gimnazjum św. Anny w Krakowie, a w 1842 roku – studia na Wydziale Prawa Uniwersytetu Jagiellońskiego. Potem udał się do Rosji i służył w artylerii. Zamierzał podjąć naukę w Akademii Wojskowej. W 1846 roku wrócił do Galicji i zaangażował się w przygotowania do powstania krakowskiego. Znamienne są jego słowa z tego okresu: „Honor nie pozwala cofać się i kiedy nie można zwyciężyć, raz rozpocząwszy, trzeba głową nałożyć”. Gdy wybuchło powstanie, na czele niewielkiego oddziału rozbił sotnię kozaków w Proszowicach, później rozbroił kordon graniczny w Michałowicach. W czasie bitwy z Austriakami pod Gdowem osłaniał odwrót powstańców. Został internowany przez władze pruskie, ale udało mu się zbiec. Wyjechał do Francji, gdzie był słuchaczem szkoły wojennej w Saint-Cyr. U boku gen. Wojciecha Chrzanowskiego współtworzył polską szkołę wojskową.
Jesienią 1848 roku Jordan udał się na Węgry, by walczyć w tamtejszym powstaniu. Został adiutantem gen. Henryka Dembińskiego, naczelnego wodza armii węgierskiej. 26 i 27 lutego uczestniczył w bitwie pod Kápolną, 2 i 3 lipca bronił przeprawy przez Cisę pod Szegedynem. Po dymisji Dembińskiego został adiutantem gen. Józefa Bema. Odznaczył się w krwawej bitwie pod Temeszwarem, po której awansowano go na stopień majora. Razem z Bemem przekroczył granicę turecką, później został przyjęty do armii osmańskiej w randze pułkownika. Związał się ze środowiskiem Hotelu Lambert. Walczył w wojnie krymskiej, był m.in. szefem sztabu armii tureckiej pod Batumi. Wytrzymał pięciomiesięczny szturm wojsk rosyjskich w Redut-Kale. Po wyjeździe gen. Władysława Zamoyskiego objął dowództwo nad resztkami dywizji polskiej. Brał udział w licznych misji dyplomatycznych, powierzonych mu przez Hotel Lambert.
Gdy wybuchło Powstanie Styczniowe, Zygmunt Jordan przyjechał do kraju. Kontynuował działania dyplomatyczne. W marcu 1863 roku dostał zadanie zorganizowania oddziałów Krakowskiem i wysłania ich do walki, aby pobudziły powstanie na południu Królestwa po upadku dyktatury Mariana Langiewicza. Niestety, niepowodzeniem zakończyła się wyprawa oddziału płk. Józefa Grekowicza, który 5 kwietnia po starciu z Rosjanami wycofał się do Galicji.
15 kwietnia Rząd Narodowy mianował Jordana naczelnikiem wojennym województwa sandomierskiego, a w maju także krakowskiego. Wtedy Jordan otrzymał stopień generała. 7 maja jeden z jego oddziałów pod dowództwem kpt. Józefa Romockiego poniósł klęskę pod Nową Wsią koło Szyc. Choć generał nie wierzył w powodzenie walki zbrojnej, liczył na interwencję mocarstw zachodnich, a działanie powstańcze traktował jako demonstrację. W maju i czerwcu zorganizował tzw. korpus krakowski złożony z siedmiu oddziałów, w tym pięciu w Krakowie i dwóch na prowincji. Mimo że nie były one w pełni przygotowane, zdecydował się na wyprawę zbrojną na teren zaboru rosyjskiego. Wzięły w niej udział partie Edwarda Dunajewskiego i Jana Chrościakiewicza-Popiela, zorganizowane w obwodzie tarnowskim. Na czele kolejnej szedł sam gen. Jordan. 20 czerwca powstańcy przeprawili się na drugi brzeg Wisły. Podczas forsowania rzeki oddział Dunajewskiego został zdziesiątkowany. Jordan stoczył krwawą bitwę pod Komorowem. Poniósł duże straty i tego samego dnia wycofał się do Galicji. Próbował jeszcze organizować nowe oddziały, jednak wkrótce opuścił kraj. Uczestniczył w akcji zakupu broni dla powstańców. 19 września Rząd Narodowy udzielił mu dymisji. Potem otrzymał propozycję dowództwa w województwie kaliskim i mazowieckim, ale ją odrzucił. Przygnębiony porażkami, rozgoryczony z powodu działań Rządu Narodowego i Hotelu Lambert, zrezygnował z polityki i działalności wojskowej. Zmarł 15 czerwca 1866 roku w Paryżu w wieku 42 lat. Pochowany na cmentarzu Montmartre. W 1933 roku został pośmiertnie odznaczony Krzyżem Niepodległości z Mieczami.
