Stanisław Koźmian urodził się 7 maja 1836 roku w Piotrowicach na Lubelszczyźnie. Pochodził z zamożnej rodziny szlacheckiej, był synem Teofili ze Skrzyńskich i Andrzeja Edwarda, wnukiem poety Kajetana Koźmiana.
W 1852 roku rozpoczął studia na Uniwersytecie Jagiellońskim, w latach 1853–1856 studiował w Paryżu, potem w Bonn. W 1858 roku wrócił do kraju, zamieszkał w majątku w Dobrzechowie koło Strzyżowa. Zaangażował się w działalność polityczną i publicystyczną. Współpracował z Biurem Politycznym konserwatywnego Hotelu Lambert. Podczas Powstania Styczniowego, reprezentując Białych, był m.in. członkiem Wydziału Spraw Zagranicznych przy dyktatorze powstania Marianie Langiewiczu, a później Rządu Narodowego dla Galicji. Prowadził biuro prasowe powstańczego Rządu Narodowego w Krakowie. Był także redaktorem konserwatywnego krakowskiego dziennika „Czas”. Za jeden z artykułów został skazany przez władze austriackie na trzy miesiące aresztu (grudzień 1864–luty 1865).
Po klęsce powstania w Krakowie przedstawiciele środowiska krakowskich konserwatystów wyrażali wątpliwości, czy wręcz kontestowali, sens czynu zbrojnego. Młodzi, zwani stańczykami, ostro krytykowali zryw, nazywając go liberum conspiro i wskazując na zgubne skutki dla narodu polskiego, analogiczne do wcześniejszego liberum veto. Opowiadali się za postawą lojalistyczną wobec władz i pracą organiczną na rzecz narodu. Koźmian był czołowym ideologiem konserwatystów galicyjskich i jednym z przywódców stronnictwa stańczyków. W 1869 roku wraz z przyjaciółmi na łamach „Przeglądu Polskiego” opublikował pamflet polityczny Teka Stańczyka. Jego troska o dobro narodu polskiego przerodziła się w negację polskiego czynu niepodległościowego. W trzytomowym dziele Rzecz o 1863 r. zawarł bardzo ostrą krytykę powstania styczniowego. Pisał m.in.: „[...] cwałem ku przepaści. Żaden może naród z takim uporem, z takim zapałem, z takim zaślepieniem, z takim poświęceniem nie spieszył do własnej zguby, jak polski w r. 1863”. Przesłanie Koźmiana było jasne – Powstanie Styczniowe zakończyło epokę konspiracji i bezpośredniej walki o odzyskanie niepodległości. Polacy powinni definitywnie pogodzić się z tym, że wywalczenie suwerennego państwa w istniejących warunkach jest niemożliwe. Każde kolejne powstania osłabiały tylko i tak nadwątlony już „byt narodowy”. Należało zatem szukać drogi innej, zawierając „kompromis z rzeczywistością”. Koźmian głosił konieczność ugody z zaborcami i wzajemne ustępstwa: Polacy mieli zrezygnować z dążeń do niepodległości, a władcy mieli zagwarantować poszanowanie praw narodowych. Była to droga, którą określano mianem trójlojalizmu.
Oprócz polityki pasję życia Koźmiana stanowił teatr. Był cenionym krytykiem i reżyserem teatralnym, jednym z najwybitniejszych dyrektorów Teatru Miejskiego w Krakowie (1871–1885). W ciągu kilkunastu lat udało mu się znacznie podnieść poziom krakowskiego teatru i wychować publiczność, która oczekiwała coraz ambitniejszych sztuk. Starannie dobierał repertuar. Zerwał z pojmowaniem teatru jako solowego występu gwiazdy, stworzył tzw. krakowską szkołę aktorską. Reforma polegała również na pozbyciu się sztywnego emploi, afektacji i efekciarstwa na rzecz prostoty wyrazu. Koźmian ograniczył więc charakteryzację, teksty były analizowane zespołowo, a aktorzy, ciesząc się dużą swobodą interpretacyjną, dążyli do ukazania psychologicznej prawdy o granej postaci.
Stanisław Koźmian zmarł 4 lipca 1922 roku w Krakowie w wieku 86 lat. Został pochowany w Dobrzechowie.