Emanuel Moszyński urodził się w Krakowie, jego rodzicami byli hrabia Piotr oraz Anna z Malinowskich. Miał czworo rodzeństwa. Za działalność w Towarzystwie Patriotycznym Piotr Moszyński najpierw był więziony w twierdzy pietropawłowskiej, a następnie zesłany na dziesięć lat na Syberię. W maju 1840 roku zwolniono go z wygnania, przywrócono mu także szlachectwo.
W 1855 roku Emanuel rozpoczął naukę w Gimnazjum św. Anny w Krakowie. Pobierał również lekcje szermierki i gimnastyki w zakładzie Michała Starzewskiego. W 1858 roku, gdy miał 15 lat, ofiarował ojcu napisane przez siebie dwa szkice: Co to jest szlachectwo polskie i Strzecha szlachecka. Niejasne są przyczyny jego wydalenia z gimnazjum. Musiał jednak zdać maturę, ponieważ w 1862 roku rozpoczął studia prawnicze na Uniwersytecie Jagiellońskim.
Piotr Moszyński wychowywał dzieci w duchu patriotycznym, ale zakazał synom udziału w ruchach spiskowych. Emanuel przystąpił jednak do organizacji powstańczej kierowanej przez Alfreda Szczepańskiego. Być może wpływ na decyzję o udziale w powstaniu wywarli jego przyjaciele, m. in. Jan Tomkowicz. W pierwszych tygodnia zrywu dołączyła do niego pochodząca z Krakowa młodzież szkolna, akademicka i rzemieślnicza.
7 lutego 1963 roku Emanuel przybył do znajdującego się w Ojcowie obozu powstańczego płk .Apolinarego Kurowskiego, liczącego ok. 2 tys. osób. Maria Moszyńska, siostra Emanuela, własnoręcznie wyhaftowała czarną chorągiew z wizerunkiem Matki Boskiej i wierszem Wincentego Pola, używaną później przez oddział żuawów śmierci, do którego wstąpił Emanuel. Już 9 lutego otrzymał nominację na podporucznika w sztabie i został adiutantem François Rochebrune’a, organizatora i dowódcy żuawów. Kilka dni później Emanuel wraz ze swoim dowódcą przybył do Krakowa, żeby zakupić żywność i buty. Wówczas po raz ostatni, jak się okazało, spotkał się z ojcem, który, obawiając się, że powstańcy mogą zostać aresztowani przez policję austriacką, sam się zajął niezbędnymi zakupami.
16 lutego 1863 roku liczący 1500 osób oddział dowodzony przez Apolinarego Kurowskiego wyruszył w stronę Miechowa. Rankiem 17 lutego powstańcy podzieleni na dwie grupy zaatakowali miasteczko. Oddział Rochebrune’a, w którym walczył Emanuel, uderzył od strony drogi krakowskiej. Bitwa zakończyła się klęską powstańców. Poległo ich co najmniej 130, m.in. Emanuel Moszyński i jego przyjaciel Jan Tomkowicz. Oddział Apolinarego Kurowskiego przestał istnieć. Moszyński został pochowany w zbiorowej mogile. Mimo starań ojca, ciała Emanuela nie udało się zidentyfikować i przewieźć do Krakowa.
