Udział Jastrzębskiego w powstaniu nie mógł zacząć się bardziej dramatycznie. Tuż przed pierwszym wymarszem z Horych-Horek w guberni mińskiej, nierozważnie bawiąc się bronią zastrzelił kolegę z oddziału. Początkowo walczył w oddziale Ludwika Topora-Zwierzdowskiego. Nie wiadomo kiedy został pojmany. Oskarżono go o „udział w rozruchach” oraz zastrzelenie kolegi. 7 września został skazany na 15 lat katorgi w kopalniach na Syberii Wschodniej. Według innego zesłańca Jastrzębski był początkowo „gorzelnianym” w Aleksandrowsku w okolicach Irkucka. Pod koniec maja został wysłany wraz grupą „katorżników” za Bajkał, w celu budowaniu drogi. Umieszczono go w obozie roboczym pod wsią i stacją poczty konnej zwaną Miszycha. W tym czasie w innym obozie polskich zesłańców w Kułtuku doszło do wybuchu powstania. Polscy skazańcy planowali wspólną ucieczkę do Chin. Po głównym starciu z wojskiem zakończonym porażką powstańców 28 czerwca pod Miszychą Jastrzębski zbierał pod konwojem żołnierzy z pola walki zabitych i rannych. Wśród tych, którzy nie uczestniczyli w rozruchu próbują ukryć się też buntownicy. „Przeszukując las, podoficer, który nam towarzyszył, spojrzawszy na kolegę Niedermejera, wrzasnął: ‘Marsz na drogę z lasu, tam gdzie wasi buntownicy’, i wskazując na Niedermejera – ‘Jego między wami nie było, on teraz dołączył’. Zaczęliśmy go zapewniać, że przyszedł z nami, ale ten nie uspokajał się; (…) ‘Jedz ziemię, przysięgaj, a jak nie, to głowa z karku’[ci spadnie]. Wszyscy żołnierze są za podoficerem. Wreszcie Niedermejer nachyla się, bierze ziemię do ust i przysięga, jak mu dyktuje podoficer” – wspominał Jastrzębski. Wkrótce zarówno buntownicy, jak inni polscy zesłańcy, w tym Jastrzębski, trafili do rosyjskich więzień. Jastrzębskiego zaliczono do 4 kategorii, czyli „mocno podejrzanych” o udział w buncie i skazano na dodatkowy rok katorgi. W listopadzie 1866 r. został osadzony w gorzelni w Aleksandrowsku. „Był to bardzo dobry chłopiec, zszarzał się” – pisał o nim jeden z wygnańców. Pracował m.in. jako ogrodnik i rzemieślnik. Po kolejnych amnestiach w 1879 r. zamieszkał w guberni nowogrodzkiej. Rok później zdjęto z niego nadzór policyjny i … wrócił na Syberię. Z Irkucka wysyłał m.in. prasowe korespondencje do petersburskiego pisma „Kraj”. Zapewne w 1904 r. zaczął spisywać wspomnienia o powstaniu nad Bajkałem. Wysłał też list do rodziny zastrzelonego przez siebie nieumyślnie powstańca. W 1910 r. wrócił do kraju. „Prawie 70-letni starzec jest żywą kroniką losów wygnania polskiego na Syberii. Postawiwszy sobie za cel smutne te dzieje od niepamięci uchronić, skrzętnie zbierał wiadomości o wszystkich wygnańcach Polakach starszego pokolenia, gromadził materiały, notował ciekawe epizody” – pisał „Kurier Warszawski”. Ponoć zebrał ponad 1000 wizerunków. Nie ma pewności kiedy umarł.
