Do aresztowania jednego z najważniejszych organizatorów i dowódców powstania doszło przypadkowo na wiejskiej drodze. Padlewski jechał bryczką przyjąć pod swoją komendę sformowany w Prusach stuosobowy, dobrze uzbrojony oddział, gdy na drodze napotkał kozacki patrol. „Na zapytanie, kto jedzie odpowiedziano, że sąsiedni obywatele – opisywał wydarzenie rosyjski dziennikarz i historyk powstania Nikołaj Berg. – Kozak zażądał okazania paszportów. – Nam się spieszy – powiedział Padlewski, podając w miejsce paszportu sturublowy banknot – weź to sobie na piwo i jedź z Bogiem”. Wysokość proponowanej łapówki wzbudziła podejrzenia dowódcy patrolu. Być może, jak pisze Berg, kozak złamałby się, „gdyby na skraju lasu nie zjawił się oficer kozacki, Godlewski. [...] Ten podjechał do powozu i natychmiast spostrzegł nadzwyczajne pomięszanie podróżnych”. Zarządził przeszukanie, podczas którego znaleziono konfederatkę wojewody, pliki papierów z papierami rządu narodowego, listy i kilka rewolwerów. Padlewski wraz z towarzyszami podróży został aresztowany i osadzony w Lipnie. Początkowo nie chciał się ujawnić. „Dowódzca miejscowej załogi, sztabskapitan Prowolski, [...] udał się do kwatery uwięzionych i domyślając się z pierwszego wejrzenia, kogo ma przed sobą, najpierwszego Padlewskiego zapytał o nazwisko. – Obywatel Zenon Poliński. – Daj pan pokój udawaniu, na nic się to nie przyda. Pan nie jesteś Polińskim i wiemy kto jesteś. – Jeśli pan wiesz już, kto jestem, to i ja nie będę się zapierać. – Pan jesteś Padlewski. – Zgadłeś pan – brzmiała odpowiedź”.
Więźniowie zostali odwiezieni do Płocka. Informacja o zatrzymaniu Padlewskiego szybko dotarła do Rządu Narodowego. „Po tak niedawnej wiadomości o śmierci Bobrowskiego, był to cios drugi, który rozumieliśmy dobrze, że musi się skończyć tragicznie. Wysłaliśmy też natychmiast do obu tych naczelników głównych województwa rozkaz, by przedsięwzięli wszystkie możliwe starania uwolnienia Padlewskiego, przekupstwem, choćby nawet siłą zbrojną. Wszelkie jednak usiłowania były nadaremne” – pisał w pamiętnikach członek rządu Józef Janowski. Wyrok zapadł szybko. Padlewski został skazany na karę śmierci i rozstrzelany 15 maja.
