Oskarżeni przebywali w celach Cytadeli, gdy kolejne sądowe instancje wydawały wyroki. 19 lipca Sąd Polowy skazał na śmierć 5 osób, 12 na katorgę, a 4 na zesłanie. Zgodnie z procedurą wyrok miał konfirmować Audytoriat Polowy, który wcześniej przygotowywał akta procesu. „Audytoriat Polowy, uwzględniwszy z całą dokładnością przedstawione wyżej okoliczności sprawy, na ich podstawie, jak również w oparciu o własną znajomość większości oskarżonych, uznaje winnymi: 1) Pułkownika w stanie spoczynku Romualda Traugutta: a) Dowodzenia bandą buntowników, sformowaną w kwietniu 1863 roku, w grodzieńskiej guberni, przy czym Traugutt, zgodnie z tym, do czego sam się przyznał, brał udział w siedmiu bitwach przeciw naszym wojskom.(…) e) Tego, że 10 października 1863 roku2, przybywszy z zagranicy do Warszawy, pod cudzym nazwiskiem (Michała Czarneckiego) i ze sfałszowanym paszportem, przejął główne, niezależne kierownictwo nad stojącym na czele buntu tajnym stowarzyszeniem, znanym pod nazwą „Rządu Narodowego”, i tym samym aż do samego aresztowania, w końcu marca bieżącego roku (29 marca), był głównym przywódcą polskiego buntu (…) f) Tego, że uporczywie odmawiał podczas przesłuchań wskazania swoich wspólników”. Wobec Traugutta i 4 członków Rządu Audytoriat kary podtrzymał, zostrzył wyrokó wobec innych. Na śmierć skazał aż 15 osób związanych z władzami powstania. Ostateczne słowo należało jednak do namiestnika Królestwa Polskiego. Generał Fiodor Berg ostatecznie przywrócił liczbę skazanych na szubienicę do 5. Pozostałej dziesiątce zmienił karę na wieloletnie ciężkie roboty na Syberii. Obok Traugutta na śmierć skazani zostali Rafał Krajewski, dyrektor Wydziału Spraw Wewnętrznych, Józef Toczyski, dyrektor Wydziału Skarbu oraz pracownicy ekspedytury Roman Żuliński i Jan Jeziorański. Skazanych o wyroku poinformowano niedługo przed egzekucją. Wykonano ją na stokach Cytadeli 5 sierpnia.
