Ten konflikt spowodował nową układankę na mapie europejskich sojuszy. Od czasu wybuchu powstania mocarstwa podzieliły się na dwa obozy – w jednym były Rosja i Prusy, w drugim Francja, Anglia i Austria. Śmierć władcy duńskiego w listopadzie 1863 r. „stał się sygnałem odnowienia starego sporu pomiędzy Związkiem Niemieckim a Danią o Szlezwik i Holstein – dwa księstwa przynależne do Danii, a zamieszkałe w większości przez Niemców (…) W obronie praw ludności niemieckiej wystąpiły łącznie Prusy z Austrią” – pisał prof. Stefan Kieniewicz w monografii powstania. 1 lutego 1864 r. armie sojuszników wkroczyły do Szlezwiku. Już w marcu opanowały większość terenów księstwa. „Współdziałanie austro-pruskie było następstwem zerwania współpracy między Austrią a Francją, po wystąpieniu Napoleona III z 5 listopada. Z kolei wojna duńska pozwalała spodziewać się dalszych komplikacji międzynarodowych. Dwa mocarstwa były zainteresowane w obronie Danii: Rosja i Anglia. Jednakże Rosja miała związane ręce w Polsce, a Anglia zaś nie mogła nic zdziałać bez pomocy francuskiej – za którą musiałaby zbyt drogo zapłacić” – tłumaczył prof. Kieniewicz. Anglicy wcześniej odmówili francuskiej propozycji zorganizowania wielkiego europejskiego kongresu m.in. w sprawie polskiej. „Francja odmówiła zatem wsparcia Wielkiej Brytanii, która rozważała udzielenie pomocy zagrożonej przez państwa niemieckie Danii i tym samym zniechęciła Londyn do otwartej interwencji w tę kolejna kwestię, która mogła się stać zarzewiem wojny europejskiej, tak skądinąd potrzebnej Polakom. Z początkiem roku 1864 sprawa polska odchodziła już coraz wyraźniej z agendy dyskusji toczonych przez dyplomację europejską” – pisał Radosław Żurawski vel Grajewski w artykule „Powstanie styczniowe jako czynnik w grze mocarstw europejskich”. Sytuacja była tym bardziej skomplikowana, że „każdy zaś konflikt zbrojny na północy zachęcał na południu Włochów do ponownego zamachu na Wenecję, co znów dawało powód do dalszych reperkusji wewnątrz monarchii habsburskiej” – dodawał prof. Kieniewicz. Wojna o księstwa nie okazała się wcale dla Austrii i Prus łatwa. Mieli oni co prawda dużą przewagę na lądzie (ok. 80 tys. żołnierzy wobec 40 tys. Duńczyków), za to na morzu zdecydowanie rządziła Dania, która zastosowała blokadę portów pruskich. W maju nastąpiło zawieszenie broni, w tym czasie Austriacy wzmocnili flotę na Morzu Północnym co spowodowało, że zniwelowana została przewaga duńska. Walki trwały do 30 września i zakończyły się klęską Danii. W rezultacie Holsztyn został przyłączony do Austrii, a Szlezwik przejęły Prusy.
