Tę kwestię od początku trzymano w ścisłej tajemnicy. „W dniu 22 czerwca (4 lipca) 1864 r. Płatonow, minister sekretarz stanu do spraw Królestwa Polskiego, poufnie powiadomił namiestnika Berga w Warszawie, że cesarz kazał przystąpić niezwłocznie do likwidacji klasztorów w Królestwie Polskim. Od tego też czasu w Warszawie specjalnie powołana komisja pod przewodnictwem księcia Włodzimierza Czerkasskiego, dyrektora głównego komisji rządowej spraw wewnętrznych i duchownych, opracowywała plan likwidacji klasztorów” – pisał Aleksy Petrani, w artykule „Kasata domów zakonnych w Warszawie w 1864 roku w świetle źródeł rosyjskich”. Ostatecznie car wydał ukaz 8 listopada. Ale nawet wówczas trzymano go ścisłej tajemnicy. „Nie szczędzimy niczego, by otoczyć nasze plany najściślejszą tajemnicą. Szybka reforma klasztorna nie tylko ułatwi wykonanie, lecz wywrze również większe wrażenie na umysły” – tłumaczył Mikołaj Milutin, carski urzędnik zaangażowany w zmiany w Królestwie, w liście przesłanym Czerkasskiemu. Ukaz cara był niezwykle obszerny składał się ze 126 artykułów, do których dołączono dodatkowo „Prawidła”. W Królestwie Polskim było wówczas 155 klasztorów męskich i 42 żeńskie. Do likwidacji przeznaczono zaś odpowiednio 110 i 4. Większość z powodu niewielkiej liczby zakonników – poniżej 8. Pozostałe za wspieranie powstania. „Podlegają zamknięciu klasztory, o których udowodniono: – że zgromadzenie klasztorne podmawiało ludzi do rokoszu lub przyjmowało od nich przysięgi na uczestnictwo w rokoszu, lub też rozgrzeszało ich z przyszłych zabójstw i tym podobnych zbrodni, popełnionych na korzyść rokoszu; albo – że chociaż oznaczone w ustępie a przestępstwa, popełnione zostały tylko przez pojedyncze osoby zgromadzenia klasztornego, jednakże przełożony i inni zakonnicy nie przedsięwzięli środków właściwych do zahamowania takowych występnych czynów i nie zawiadomili w swoim czasie o nich zwierzchności, dla postąpienia podług praw; albo – że osoby stanu zakonnego weszły same do szeregów band zbrojnych” – czytamy w carskiej instrukcji. Likwidacją karane były też klasztory, w których zbierane były pieniądze, podatki lub jałmużna dla powstańców, przechowywana broń lub ukrywani powstańcy. Kasatę w całym Królestwie przeprowadzono w nocy z 27 na 28 listopada. Pozostałe klasztory podzielono na etatowe, lub ponadetatowe.
