To był kolejny etap wprowadzania nowych porządków w Królestwie Polskim. „W sferach petersburskich z cesarzem na czele zdawano sobie w dostatecznej mierze sprawę, że teraz wreszcie z okazji ostatniego powstania, jak i stanu t.zw. sprawy polskiej na terenie międzynarodowym, przyszedł czas decydujących porachunków Rosji z Królestwem” – pisał Józef Targowski w artykule „Komitet Urządzający i jego ludzie”. „Wszystko to mogło być dokonane nie za pomocą starych środków władzy i ludzi, przywykłych do przestarzałej rutyny, ani też za pomocą instytucyj stałych, przygotowanych do działania w warunkach normalnych” – tłumaczył Mikołaj Rejnke, oficjalny carski historyk. 2 marca wraz z wprowadzeniem uwłaszczenia chłopów ustanowiony został też Komitet Urządzający, mający nadzorować wprowadzanie reformy. Carowi ten organ najwyraźniej nie wystarczył, bo już 6 dni później Aleksander II ustanowił kolejne ciało - komitet do spraw Królestwa Polskiego w Petersburgu. Co ciekawe – utworzenia organu początkowo nie ujawniono. „Komitet do spraw Królestwa Polskiego w Petersburgu był do grudnia 1866 roku instytucją nieznaną samemu Królestwu, działał do tego czasu potajemnie, w bezpośredniej zależności do samego cesarza, a w rzeczywistości stał się właściwą kuźnią wszystkich projektów, reformujących z gruntu cały ustrój Królestwa” – dodaje historyk. Sam namiestnik Królestwa Fiodor Berg o jego istnieniu został powiadomiony oficjalnie dopiero pod koniec 1866 r. Jego członkami byli najbardziej zaufani ludzie cara w tym autor reformy uwłaszczeniowej Mikołaj Milutin. Nawet i te dwa organy nie wystarczyły carowi. W maju utworzona została jeszcze „Własna Jego Cesarskiej Mości Kancelaria do Spraw Królestwa Polskiego”. „Praca reformacyjna tego okresu obejmowała całą organizację rządową, niszczyła tradycję i dotykała spraw materialnych, słowem ogarniała całe życie ludności miejscowej, które należało zawrócić ze starej drogi i wprowadzić na nową” – pisał Rejnke. Tą nową drogą - wg rosyjskiego historyka - było „umocnienie państwowości rosyjskiej w Królestwie”, a środkiem unifikacja prawodawstwa, administracji, szkolnictwa, ustroju gospodarczego i społecznego. W rezultacie w 1872 r. całkowicie zlikwidowana została autonomia Królestwa, a jego obszar zaczęto nazywać półoficjalnie Krajem Przywiślańskim.