Rosjanie w walce z powstańcami używali nie tylko piechoty, konnicy czy artylerii, ale też marynarki. Choć to ostatnie to zapewne zbyt mocne słowo, na określenie wiślańskiej flotylli. Składała się ona z kilku parowców w tym „Wisły”, „Bugu” i „Narwi”, a także kilku mniejszych jednostek. Jej stworzenie zaproponował Wielki Książę Konstanty już w lutym 1863 r. Miała chronić mosty, kontrolować ruch na rzece, a także przewozić transporty wojska i ładunków. Na uzbrojonych statkach parowych i żaglowo-wiosłowych służyć mieli marynarze i żołnierze z kompanii tzw. „gwardiejskogo fłotskogo ekipaża”. Została ona utworzona już w 1810 r. i zajmowała się strzeżeniem Wisły podczas kampanii w 1813 i 1831 r. Prośba została zaakceptowana i wkrótce do Warszawy przybyło ok. 200 żołnierzy i 6 muzyków. Początkowo skład flotylli był wyjątkowo skromny - żelazna barka towarowa, 8 drewnianych szalup, dwie zarekwirowane prywatne łodzie oraz 3 łodzi wziętych z Modlina. Do tego z Petersburga przysłano 4 kutry wraz z oddziałem artylerzystów. Później przybyło kilka parowców. Kontrola ruchu na Wiśle została wprowadzona 15 marca. Na Bielanach i Czerniakowie ustawiono też dwie wodne rogatki. Tylko raz musiały one interweniować. Rosjanie oddali strzał ostrzegawczy do parowca „Płock”, który nie zatrzymał się mimo wezwania. Marynarze wykorzystywani byli też kilkukrotnie w operacjach lądowych. Brali m.in. udział w ekspedycji, która doprowadziła do rozbicia oddziału Józefa Jankowskiego – w czasie jej trwania organizowali przeprawy przez Wisłę i Pilicę. Od listopada do kwietnia praktycznie została unieruchomiona, po tym jak Wisłę skuł lód. W lipcu 1864 r. po raz pierwszy Namiestnik Fiodor nakazał rozformowanie flotylli w związku z uspokojeniem sytuacji. Spowodowało to znaczne zwiększenie aktywności pozostałych jeszcze oddziałów powstańczych. Ostateczny koniec flotylli nastąpił ostatniego dnia października, gdy wszystkie jednostki zostały rozbrojone i formalnie zakończyły służbę. W Warszawie pozostał tylko jeden parowiec „Wisła” i jeden żelazny kuter.
