Do historii przeszedł przede wszystkim w powodu okoliczności swojej śmierci. Zamach na niego, dokonany w Sarajewie, stał się zapalnikiem, który doprowadził do wybuchu w pierwszej wojny światowej, a z polskiego punktu widzenia do odzyskania niepodległości. Franciszek Ferdynand raczej nie był przewidywany do objęcia tronu Austro-Węgier. W Wiedniu od kilkunastu lat rządził jego stryj Franciszek Józef, który miał syna (jak się później okazało – jedynego), a w kolejce przed Ferdynandem był jeszcze jego ojciec. Mały arcyksiążę w przeciwieństwie do swego młodszego brata Ottona był ponoć poważnym dzieckiem. Stryj nigdy go nie lubił. Gdy po śmierci kolejnych następców Ferdynand został „pierwszym” , nigdy nie otrzymał tytułu następcy tronu. Cesarz myślał nawet, by przenieść sukcesje na skandalistę Ottona. Z powodu zdiagnozowanej gruźlicy arcyksiążę zaczął podróżować – taką kurację zalecili mu lekarze. W 1895 r. incognito ruszył zwiedzać świat na podkładzie krążownika „Cesarzowa Elżbieta”. Był m.in. w Egipcie, w którym dla fotoreporterów położył się w pustym sarkofagu faraona Amenhotepa III. Odwiedził też m.in. Japonię, Indie, Australię, Syrię i USA. Jako następca przygotował reformę monarchii, chcąc zamienić ją w kraj federacyjny lub trójkrólestwo. W 1900 r. ożenił się z szlachcianką Zofią von Chotek, co wywołało skandal na dworze. Z tego powodu musiał oficjalnie zrzec się pretensji do tronu zarówno przez żonę, jak i zrodzone ze związku dzieci. Na ślubie nie pojawił się praktycznie nikt z cesarskiej rodziny.
Feralna podróż do Sarajewa rozpoczęła się pechowo – arcyksiążę nie mógł jechać specjalną salonką, która miała defekt. Podróżował więc pierwszą klasą, lecz pociąg zatrzymał się w szczerym polu – zapaliły się osie. „Pięknie zaczął nam się wyjazd. Tu się pali, a na południu polecą na nas bomby!” – miał zażartować. Słowa okazały się prorocze. W Bośni zamachowcy najpierw zaatakowali, rzucając w samochód ładunek wybuchowy, lecz Ferdynand z żoną wyszli bez szwanku. Kolejny zamachowiec strzelał. Zofię zabił na miejscu, arcyksiążę umarł po kilku godzinach. Podobno jego ostatnimi słowami było: „To nic” powtórzone kilka razy. Na wieść o zamachu Franciszek Józef rzucił tylko: „To straszne. Ale Wszechmogący nie pozwala się prowokować”. Ferdynand miał 50 lat. Wojna wybuchła miesiąc później.
