Terror sądowy był jednym z najważniejszych sposobów walki z powstaniem. Jako pierwszy na masową skalę wprowadził go – latem 1863 r. - Michał Murawiew „Wieszatiel”, generał gubernator Litwy. Sądy polowe skazywały na śmierć dowódców oddziałów, ale też zwykłych powstańców, czy księży którzy sprzyjali zrywowi. Za mniejsze „przewinienia” groziły wyroki konfiskaty dóbr i zsyłki na Sybir. Podobną politykę prowadził też namiestnik Królestwa Polskiego. Wiosną 1864 r. w obliczu upadku powstania, władze rosyjskie zaczęły bardzo powoli odchodzić od polityki skrajnego terroru. Początkowo miało to dotyczyć przede wszystkim osób z niższych stanów. „Generał-policmajster Trepow w rozporządzeniu z 15 lipca 1864 r. wyjaśniał naczelnikom wojennym, że zalecenie zmniejszania wyroków zesłania dla przestępców politycznych wynika z przyjętego 12 marca i 21 kwietnia 1864 r. stanowiska Komitetu Zachodniego, który wskazywał na potrzebę wdrożenia takich rozwiązań. Trepow podkreślał jednak, że te ograniczenia należy stosować przede wszystkim w stosunku do osób stanu włościańskiego, w mniejszym stopniu zaś w przypadku przestępców wywodzących się z ‘wyższych stanów’” – pisał Stanisław Wiech, w artykule „Stan wojenny w Królestwie Polskim”. Powoli też zaczęto „poluzowywać” niektóre drakońskie przepisy stanu wojennego. W drugiej połowie 1864 r. przywrócono niektóre swobody przemieszczania się ludności, złagodzono kary nakładane na osoby nieprawomyślne politycznie. Zezwolono m.in. na powrót wybranej grupy emigrantów, „którzy wyjechali uciekając przed terrorem rewolucyjnych partii i tylko w nieznacznym stopniu skompromitowali się udziałem w wydarzeniach 1861–1864”. Zliberalizowane też przepisy związane z przemieszczaniem się i działalnością gospodarczą w pasie przygranicznym. Pod koniec 1864 r. mieszkańcy tego regionu dostali pozwolenie na prowadzenie handlu, zezwolono na przeprowadzanie przez granicę koni, a nawet „wpuszczanie do Królestwa Polskiego karpackich górali [kierujących się] do prac polowych”, a także „wwożenie do kraju kos, noży do sieczkarni oraz różnych surowców i materiałów niezbędnych do produkcji fabrycznej (saletry, rudy żelaza itp.)”. W październiku władze carskie przywróciły też możliwości organizacji zbiórek charytatywnych. 26 sierpnia namiestnik wydał natomiast zalecenie zmniejszania liczby wyroków skazujących politycznych przestępców na wydalenie z kraju, lub zesłanie na Syberię. Zastępowano to karami pieniężnymi lub więzieniem. Wprowadzony na początku powstania stan wojenny w Królestwie formalnie trwał jednak aż do 1905 r.
