W dobie zamykania klasztorów raport rosyjskiego naczelnika wojskowego musiał brzmieć jak wyrok: „Donoszę, że wedle zebranych wiadomości, w klasztorze księży karmelitów w Oborach, podczas początkowych demonstracji, duchowieństwo zezwalało na manifestacje przeciwko rządowi w kościele, na śpiewanie zabronionych hymnów i podburzające mowy. Podczas samego powstania przyjęto na teren klasztoru sformowaną przez Artura Sumińskiego partię powstańczą, a zakonnicy odprawiali nabożeństwa za pomyślność oręża polskiego. Oddzielne partie jak i poszczególni powstańcy mieli w klasztorze stały przytułek”. Miał dobre wiadomości naczelnik, a o działalności mnichów było na tyle głośno, że Maria Konopnicka napisała nowelkę pt. „W Oborach”.
„Wielki duch chodził ziemią i hetmanił sercom. (…) Nowe moce wstały w ludziach i do czynu parły. Korona buchała ogniem, Litwa odpowiadała Koronie sercem i ramieniem. Żyliśmy w gorączce oczekiwania, porywu, nadziei (…) Dzieci! Matka na nas woła. Matka jest w potrzebie. Aż tu, przez mury, słychać jej wołanie – zagrzewał przeor młodych karmelitów - Gdzie nie widzę łez, gdzie nie widzę żaru, gdzie nie widzę żywego uczucia, tam nie widzę ofiary, tam nie widzę miłości, tam nie widzę – Polski”. A jednak klasztor nie został zlikwidowany, choć w samej diecezji płockiej zamknięto ich 13. W nocy z 27 na 28 listopada rosyjski dowódca oznajmił, że oborski klasztor staje się etatowym, czyli w praktyce miejscem internowania duchownych. W szczytowym momencie w Oborach przebywało 70 karmelitów. W 1865 r. część z nich otrzymała możliwość wyjazdu za granicę. „Pomimo zupełnego braku żywności, pozostaniemy w klasztorze” – mieli odpowiedzieć. Miejscem odosobnienia klasztor był do 1875 r.
