Był jednym z ostatnich aresztowanych członków władz powstańczych na Litwie. Kalinowski był absolwentem Akademii Inżynierii Wojskowej i w 1863 r. miał stopień kapitana. Pracował przy rozbudowie twierdzy w Brześciu Litewskim. Po wybuchu walk, poprosił o dymisję z wojska. Otrzymał ją w maju 1863 r. Do zrywu przystąpił wbrew sobie. „Nie krwi, której do zbytku przelało się na niwach Polski, ale potu ona potrzebuje” – pisał w liście do brata. Dostarczył Rządowi Narodowego plany twierdz rosyjskich, a latem objął Wydział Wojny w Wydziale Wykonawczym na Litwie. Jak pisała prof. Stefan Kieniewicz, był kuzynem słynnego powstańca i od pewnego momentu dowódcy na Litwie – Konstantego Kalinowskiego. Jego poglądów jednak nie podzielał. Sam w walkach nie uczestniczył, za to zajął się organizacją oddziałów i ich aprowizacją. Działalności zaprzestał w grudniu – uznając, że powstanie upadło. „W późno spisanym pamiętniku twierdzi, że tuż przed aresztowaniem otrzymał od Traugutta manifest ogłaszający ‘zwinięcie powstania’. Rzecz oczywiście nie do przyjęcia, wobec tylu autentycznych wypowiedzi Traugutta (…) Można co najwyżej przypuszczać, że Traugutt w owym piśmie godził się z myślą zaniechania walki na Litwie” – pisał prof. Kieniewicz. Komisja śledcza uznała go winnym „pełnienia obowiązków kierownika sił zbrojnych na Litwie i redagowania rozporządzeń co do kierowania partiami powstańczymi”. 28 maja sąd skazał go na śmierć. Karę ostatecznie zmieniono na katorgę na Syberii. Trafił do Usoli, gdzie pracował w warzelni soli. „Bóg zsyła chmury dlatego, żeby słońce żywiej jaśniało” – pisał o warunkach zsyłki. Po ogłoszeniu częściowej amnestii przeniósł się do Irkucka, gdzie pracował jako domowy nauczyciel. Wrócił do Polski w 1874 r. Był wychowawcą m.in. księcia Augusta Czartoryskiego, późniejszego salezjanina i błogosławionego. W 1877 r sam też wstąpił do zakonu karmelitów bosych w Austrii i przyjął imię brat Rafał od św. Józefa. Święcenia kapłańskie otrzymał 5 lat później. Założył klasztor w Wadowicach, gdzie umarł w 1907 r. W 1991 r. został kanonizowany.
