Był jednym z najbardziej walecznych i wytrwałych dowódców powstania. Ale i on uznał, że potrzebny mu odpoczynek. „Dowództwo nad bandą przyjął jeszcze w miesiącu Lutym r. z., i od tego czasu bezustannie formując swą bandę i zmieniając nazwisko, stoczył 40 potyczek z naszemi wojskami” – pisał „Kurjer Warszawski”. „Ostatnio rozbity na miazgę pod przybraną nazwą Szydłowskiego, rozpuścił ostatnią swą bandę i schronił się w okolice Radzymina” – relacjonował „Dziennik Powszechny”, organ rządowy Królestwa. Jankowski poprosił Rząd Narodowy o urlop, uznając, że prowadzenie działań powstańczych w zimie jest niemożliwe. Chciał podleczyć się w Galicji. Swój oddział rozpuścił. Nie ma do końca pewności jak został zatrzymany – istnieją dwie wersje – według jednej z nich zatrzymany zostaje w wyniku donosu chłopów ze wsi, w której się ukrywał. Gazety podawały jednak inną wersję. „Nasi żołnierze przeszukawszy las, rozniecili ogień, który następnie porzucili, a koło którego zebrało się wkrótce kilku wieśniaków z okolicy. Jankowski znajdujący się w lesie z swym pomocnikiem Kniaziewiczem, zwrócił się w tamtę stronę dla zobaczenia co się tam działo. W tej samej chwili patrol z 10 kozaków pod dowództwem prykaźnego Andrzeja Pochlebina, otoczył i ujął go wraz z jego towarzyszem” – donosił Dziennik Powszechny. Jankowski próbował uciekać, ale po kilku krokach wpadł w głęboki jar i został złapany. Jego towarzysz Szymon Katyll, dowódca kosynierów, sięgnął po zawieszony na szyi pistolet i wycelował w najbliższego kozaka. Broń nie wypaliła. Jeździec dopadł do niego krzycząc: „Eto ty, sukinsyn, strelat chociesz ?” Widząc, że nie ma szans się bronić, ani uciekać Katyll oddał broń mówiąc: „Niet, ja suismał, sznurok z szyi”. Ujęci powstańcy próbowali pozbyć się obciążających ich papierów – w tym pieniędzy i dokumentów. „Wszystko to zostało zebrane przez kozaków i wiernie oddane wraz dwoma jeńcami dowódcy oddziału” – informowała gazeta. Kilka dni później Kozacy odkryć mieli też zakopany przez powstańców na wyspie na Narwi skład broni. Jankowski został postawiony przed sąd polowy, skazany na karę śmierci i powieszony 12 lutego. Katyll, podający się za szeregowca i nie rozpoznany, otrzymał karę zesłania, z którego wrócił w 1870 r.
