To było tajna akcja przeprowadzona na masową skalę. W nocy do ponad stu klasztorów zajechali carscy żandarmi i odczytali nakaz ich likwidacji. Ukaz o kasacie car wydał już 8 listopada, ale sprawę utrzymywano w głębokiej tajemnicy. Powody zamknięcia klasztorów były dwoistego rodzaju: „do zniesienia klasztorów nie mających oznaczonej ustawami kanonicznymi liczby zakonników, lub tych, których objawiły dążenie szkodliwe” – można było przeczytać w wydanych przez cara przepisach. Akcja przygotowana była bardzo starannie. „W Warszawie (…) 27 listopada wieczorem, przed rozpoczęciem akcji, wszyscy kierownicy wraz z personelem pomocniczym zebrali się w mieszkaniu ks. Czerkasskiego. Tam, przy herbacie, czekali na zbliżającą się noc i w skupieniu zaznajamiali się ze specjalnie ułożoną dla nich instrukcją, złożoną z 29 artykułów, dokładnie określających czynności które miały być wg określających dokonane od chwili przybycia do klasztoru aż do jego likwidacji. Do instrukcji dołączony był wydrukowany wzór protokołu, jaki należało sporządzić po dokonanej kasacie klasztoru” – pisał Aleksy Petrani, w artykule „Kasata domów zakonnych w Warszawie w 1864 roku w świetle źródeł rosyjskich”. Zalecano też zachowanie „nienagannej grzeczności w stosunku do zakonników oraz szacunku dla świątyń i stanu zakonnego”. Przygotowano nawet ciepłe ubrania dla zakonników na podróż, by uniknąć zarzutów o ich złe traktowanie. Kasata objęła 114 klasztorów (w tym 4 żeńskie) ze 197, które znajdowały się na terenie Królestwa Polskiego. Większość została zlikwidowana z powodu zbyt małej liczby zakonników (poniżej 8), 39 za pomoc powstańcom. Pozostałe podzielono na etatowe i ponad etatowe. W tych pierwszych mogło przebywać na stałe do 14 zakonników. Utrzymanie klasztorów przeszło na skarb państwa. Kasata wywołała kryzys dyplomatyczny. 30 stycznia 1865 r. Stolica Apostolska wysłała oficjalną notę, w której udowodniała nielegalność ukazu i sprzeczność z konkordatem. Doprowadziło to do zerwania stosunków Rosji z Watykanem w 1866 r.
