Do rozpracowania organizacji Rządu Narodowego władze carskie zaprzęgły ogromne siły. „Przy aresztantach politycznych i przy komisji znajduje się 120 osób obsługi” – raportował 22 kwietnia płk. Arszeniewski, „naczelnik aresztantów politycznych na Pawiaku”, przewodniczącemu Komisji Śledczej gen. Konstantemu Rozwadowskiemu. Machina zaczęła rosnąć już grudniu, wraz z coraz bardziej masowymi aresztowaniami. Właśnie wówczas szef aresztu na Pawiej zwraca się do naczelnika Oddziału Wojennego w sprawie „zbudowania prycz i stołów dla wojskowej obsługi więzienia śledczego”. Liczba zatrzymanych rośnie lawinowo. Na rozkaz Tuchołki w kwietniu zaczęto lokować aresztantów w celach piwnicznych po 20. W maju Generał-Policjamjster otrzymuje informacje, że cele urządzono także na parterze – na ten cel przeznaczono 7 pokoi, a w każdym ulokowanych zostaje 6 więźniów. Dla zarządzających więzieniem tak wielka liczba więźniów wiąże się też z kłopotami finansowymi. Stąd prośba gen. Rozwadowskiego, by „pieniądze potrzebne dla utrzymania aresztantów politycznych na Pawiaku na podstawie rozporządzenia namiestnika z 6/12 września 1863 r. pochodziły ze środków przeznaczonych na utrzymanie więźniów politycznych na tych samych zasadach, jak to ma miejsce w przypadku X Pawilonu Cytadeli”. Pękało w szwach także to drugie więzienie. 9 maja komendant Cytadel zwraca się do gen. Rozwadowskiego z prośbą, by nie przesyłać mu więcej „przestępców politycznych do Cytadeli, motywując to brakiem miejsc i zamiarem działu inżynieryjnego przystąpienia do remontu budynków”. Mimo wielu zachowanych materiałów żadnemu z historyków nie udało się dotąd policzyć liczby aresztowanych pod koniec powstania. „Czy da się ściśle określić ilość osób, które przewinęły się przez wszystkie Komisje Śledcze? Nie jest to absolutnie niemożliwe, ale wymaga wstępnego opracowania za chowanych źródeł, przede wszystkim 7 tomów tzw. skorowidzów Tymczasowej Komisji Śledczej. Tomy zawierają alfabetyczne, lecz nie uporządkowane wewnątrz każdej litery rękopiśmienne spisy” – pisała historyk Zofia Strzyżewska. Pełne były więzienia nie tylko w Warszawie, ale także w innych większych miastach Królestwa i ziem zabranych. Niepełna lista wyroków śmierci wykonanych na powstańcach liczy 669 osób, na Syberię zesłanych zostało ok. 38 tysięcy osób.
