Choć świadkami jego egzekucji były tysiące – spędzonych przez policję – mieszkańców Kowna, plotki, że ks. Mackiewicz żyje, nadal krążyły po Litwie. Regularnie pojawiały się informacje, że widziano go na czele oddziału.
Duchowny przystąpił do powstania na początku marca. Odczytał odezwę Rządu Narodowego i sformował pierwszy oddział na Litwie. Zwycięski chrzest bojowy przeszedł pod Megianami pod koniec miesiąca. W kwietniu Mackiewicz połączył się z oddziałem gen. Zygmunta Sierakowskiego. Po rozbiciu zgrupowania nie zaprzestał walki, choć powstanie na Litwie niemal wygasło. „Jeden tylko ksiądz Antoni Mackiewicz ze zdumiewającą wytrwałością i uporem prowadził dalej walkę. Okazał on wiele gorącego patriotyzmu i talentu wojskowego; napadany, ścigany jak dziki zwierz umiał się wymykać nieprzyjacielowi i nigdy rozbić się nie dał” – pisał powstaniec i historyk zrywu Walery Przyborowski. Pod koniec lata była to już walka desperacka. „Czyś gotów iść do walki, mając pewność, że zginąć musisz? Namyśl się, bo to jest chwila stanowcza!”– mówił do przybyłego z Królestwa ochotnika. Powstaniec opisywał, że na twarzy księdza: „Malowała się spokojna rezygnacja męczenników pańskich; czułem instynktem, że to nie były słowa tylko, że to była jego wiara i że tylko z taką wiarą wolno wstępować do zakonu walczących o niepodległość”. Od czerwca do grudnia oddział Mackiewicza stoczył ponad trzydzieści potyczek, w których wiele razy został pobity. Ksiądz został też komisarzem województwa kowieńskiego. Ostatnią bitwę stoczył pod koniec listopada, a po kolejnej klęsce rozpuścił oddział. Rozkazał żołnierzom zgłosić się do walki na wiosnę, sam zamierzał przedostać się do Francji. Wyruszył wraz z dwoma oficerami. Rosyjscy żołnierz zauważyli ich, gdy wyczerpani odpoczywali w karczmie. Mackiewicz próbował uciec, w mrozie i śniegu zdołał przejść kilometr. Obłożył się gałęziami i położył na ziemi. Rosjanie szybko go jednak znaleźli. „Kto ty taki pan? Mów, buntowniku, gdzie banda?” – rzucił porucznik. Jak mówił później, „ta blada, chuda, z dużą brodą osobistość” spokojnym głosem odpowiedziała „nie szarpcie mnie, panowie […] Jestem ksiądz Mackiewicz”. Był 17 grudnia. Mackiewicza pieszo przepędzono do Kowna. Sąd polowy skazał go na śmierć w Wigilię. Cztery dni później został powieszony.
