Zapewne mógł się uratować. Wiedział o zaciskającej się pętli. Do tego rankiem 10 kwietnia carska policja zastukała do jego kamienicy. Wówczas aresztowany jednak został Marian Dubiecki, sekretarz Rusi w Rządzie Narodowym i bliski współpracownik dyktatora. Do jego mieszkania policja załomotała godzinę po północy. „Traugutt był w łóżku. Ujrzawszy wchodzących rzekł ze spokojem sobie właściwym: - To już…” - czytamy w relacji z aresztowania. Dyktator został przewieziony najpierw na Pawiak, a później do X pawilonu Cytadeli Warszawskiej. Ponieważ został rozpoznany bezpośrednio po aresztowaniu przez znajomego ze służby carskiej, od razu przyznał się do dowodzenia oddziałem partyzanckim na Polesiu. Zaprzeczył natomiast, by podczas pobytu w Warszawie zajmował się polityką. Został zamknięty więc „do lochu ciemnego, gdzie wilgoć i zimno, a nic nie dali mu jeść i pić, tylko chleb i wodę” – czytamy w liście współwięźnia. Po 9 dniach śledczy skonfrontowali go ze złamanymi członkami konspiracji. W jej trakcie dyktator zeznał do protokołu: „Wszystko, co względem mnie zeznałeś, panie Karolu Przybylski, jest nieprawdą i nierzetelnie wymawiasz mi tu do oczów fakta, które miejsca nie miały”. Podobne oświadczenie złożył w sprawie zeznań Cezarego Mórawskiego. Dopiero po wyprowadzeniu obu z sali oświadczył. „Deklaruje o celu i działaniach moich po przybyciu do Warszawy złożyć szczegółowe wyznania, z tym tylko zastrzeżeniem, że nikogo z osób nie powołam, a tylko wyznam co sam robiłem”. Nadal jednak „pozostawał nieprzejednanym, nie chcąc ujawnić swych wspólników i swoich stosunków z zagranicą, oświadczając przy tym, że przyjął udział w powstaniu i następnie wstąpił do Rządu Narodowego z przekonania, rozumiejąc, że tym postępowaniem przyniesie krajowi korzyść” – czytamy w protokołach przesłuchań. Złożył też deklaracje: „Będąc przekonanym, że niezależność jest koniecznym warunkiem prawdziwego szczęścia każdego narodu, zawsze jej pragnąłem dla swojej ojczyzny (…) Powstania nikomu nie doradzałem, przeciwnie, jako były wojskowy widziałem całą trudność walczenia bez armii i potrzeb wojennych z państwem słynącym ze swej potęgi”. Proces przeciwko Trauguttowi i innym członkom Rządu Narodowego ruszył pod koniec maja. 19 lipca sąd wydał wyroki. Traugutt został zdegradowany i skazany na śmierć. Wyrok wykonano 5 sierpnia. Wraz z nim życie straciło 4 innych członków Rządu Narodowego.
