Choć ekspedycja Teofila Łapińskiego z czerwca 1863 roku zakończyła się fiaskiem, to, jak pisze Stanisław Zieliński, autor książki Bitwy i potyczki 1863–1864: „Niepowodzenie […] nie zraziło Rządu Narodowego, a nadzieja na interwencję mocarstw zachodnich podniecała kierownictwo powstania do kontynuowania akcji na morzu”. Obrano nowy cel – utworzenie regularnej powstańczej floty wojennej.
Na mocy traktatu pokojowego podpisanego w Paryżu 20 marca 1856 roku po wojnie krymskiej, przegrana Rosja nie mogła utrzymywać floty wojennej i budować twierdz przybrzeżnych nad Morzem Czarnym. Akwen ogłoszono neutralnym, a więc otwartym dla wszystkich flot. Dodatkowo Wielka Brytania i Turcja popierały powstańców kaukaskich, osłabiając tym samym Rosjan na danym terytorium. Czynniki te sprzyjały sprawie polskiej. W tym samym czasie Rosja toczyła jednak działania przeciwko flocie Wielkiej Brytanii w wojnie secesyjnej, wywierając tym samym presję na Londyn, aby nie udzielał on poparcia powstańcom styczniowym w Królestwie Polskim. Rząd Narodowy nie dostrzegał jednak tych uwarunkowań, podejmowano dalsze działania na morzach. Zaczęto tworzyć polską flotę powstańczą.
Misja Klemensa Przewłockiego
Pierwszym statkiem, który pojawił się na Morzu Czarnym był, „Chesapeake”. Wypłynął on z Newcastle w czerwcu 1863 roku. Na pokładzie znajdowało się 6 armat, 150 karabinów, amunicja, umundurowanie oraz nieliczna grupa ochotników Dowódcą był płk Klemens Przewłocki. Ekspedycja miała przede wszystkim cel rozpoznawczy – zamierzano poznać ruchy rosyjskich statków na wodach Morza Czarnego. Dodatkowo zamierzano także wspomóc powstańców kaukaskich.
Ekspedycja dotarła najpierw do Konstantynopola, później do Trapezuntu (Trabzon), by następnie zasilić szeregi powstańców w Czerkiesji. O wyprawie Przewłockiego tak pisał w liście do Rządu Narodowego ks. Witold Adam Czartoryski, najstarszy syn ks. Adama Czartoryskiego: „Celem wyprawy było utworzenie zawiązku Legii Polskiej, która by sformowana i wzmocniona, zapaliwszy żywszą wojnę na Kaukazie, mogła następnie przeniesioną być na którykolwiek punkt pobrzeża na morzu Czarnym”. Jednak, jak ocenia historyk Bogdan Zalewski, ową misję, należy uznać przede wszystkim za pierwsze polskie działania zwiadowcze na morzu.
Organizacja polskiej floty powstańczej
Jak donosił Czartoryski, „[…] dla zapewnienia komunikacji z Czerkiesami, nader utrudnionej na morzu Czarnym przez krążące statki moskiewskie, okazała się potrzeba posiadania własnego statku przez pewnych i zupełnie oddanych marynarzy obsadzonego, który by w razie potrzeby zdecydowany był stoczyć bój z Moskalami. W osobie kapitana Magnana znaleźliśmy człowieka gotowego na wszelkie niebezpieczeństwa i znalazł się także statek gotowy, który kupiliśmy za 125 000 franków, płacąc zadatku 50 000 franków”. Flotę organizowano dzięki międzynarodowej pomocy. Francja zobligowała się do dostarczenia kadry, Anglia przekazała statki, Turcja miała udostępnić swoje porty. Strona polska zakupiła dwie jednostki parowe – w Konstantynopolu „Samsona”, w Newcastle „Princess” – które należało dostosować do zadań wojennych. Do prac organizacyjnych przystąpił także francuski kapitan André Magnan.
Organizacja polskiej floty powstańczej przeciągała się jednak, na co z pewnością wpłynął konflikt między Magnanem a Czartoryskim. Znawcy tematu wskazują różne przyczyny niezgody. Jedni twierdzą, że Francuz publikował w prasie proklamacje jako komendant floty narodowej polskiej wbrew zakazowi Czartoryskiego, inni, że trwonił powstańcze fundusze na prywatne cele. Odebrano mu stanowisko niemal w tym samym czasie, gdy Rząd Narodowy na mocy dekretu z 25 października 1863 roku powierzył organizację polskiej marynarki Eugeniuszowi Dębińskiemu, współpracującemu z ks. Florestanem Rozwadowskim. Działał w oparciu o szesnaście punktów obowiązków i atrybucji organizatora generalnego Floty Polskiej.
Pułkownik Dębiński, nie czekając na powołanie nowego organizatora generalnego powstańczej floty, zgodnie z pkt. czwartym wspomnianych obowiązków i atrybucji, mianował na to stanowisko Władysława Feliksa Zbyszewskiego, doświadczonego komandora podporucznika. Zbyszewski był absolwentem Akademii Morskiej w Petersburgu i zawodowym oficerem floty rosyjskiej. Kiedy dowiedział się o wybuchu powstania styczniowego, służył na Dalekim Wschodzie. Przebywał wówczas w Szanghaju. Porzucił służbę carską i przez Japonię dotarł do Paryża. W stolicy Francji celów powstańczych przyjął pseudonim „Feliks Karp”.
Flota „Feliksa Karpia”
Mocno zaangażowany w prace nad organizacją polskiej floty, „Karp” opisywał, jak ma ona wyglądać i funkcjonować. Dzięki jego staraniom otwarto agencje morskie w Szanghaju, Melbourne, San Francisco i Nowym Jorku, zajmujące się werbunkiem i rekrutacją marynarzy do polskiej floty powstańczej. W tym celu w językach polskim i angielskim opublikowano instrukcję dla tzw. agentów. W art. drugim i szóstym czytamy: „Dołożą starań, by wszelkimi sposobami możliwymi i dozwolonymi zgromadzić jak najwięcej materiałów i ludzi, a to stosownie do przepisów Rządu Narodowego, tyczących się walki na morzu przeciw Moskwie” oraz: „Dołożą starań, aby do marynarki polskiej wybierać marynarzy zdolnych i prawych, o ile możności Polaków, szczególniej na wyższe stopnie”.
Dodatkowo poszukiwano armatorów, którzy zechcieliby oddać statki do służby Polsce. W takiej atmosferze „Karp” opracowywał szczegółowy plan funkcjonowania polskiej marynarki wojennej zarówno w czasie powstania, jak i w późniejszych latach. Wzorce organizacyjne czerpał z floty rosyjskiej, w której wcześniej służył, jak i francuskiej, która udzielała mu pomocy.
Państwa sojusznicze wspierały polskie działania, postawiły jednak warunek – polska flota miała być legalna, tzn. miała przestrzegać postanowień konferencji paryskiej z 1856 roku. Niezbędne było zatem przygotowanie bandery, która zawisłaby na powstańczej flocie. Ustanowiono ją 1 lutego 1864 roku, zgodnie z przepisami o organizacji sił zbrojnych morskich: „Dwukolorowa, biała i amarantowa, z herbem państwa takim jakiego Rząd Państwowy na pieczęciach swych używa”. Widniał na niej herb z Orłem Białym, litewską Pogonią i ruskim św. Michałem Archaniołem. Dodatkowo usystematyzowano umundurowanie, wzorowane na francuskim: „Mundur marynarki polskiej będzie koloru granatowego, kroju zwykłego marynarzom, z ozdobami srebrnymi i amarantowymi takim systematem jak w marynarce francuskiej. Guziki i szlify srebrne. Guziki będą miały wyryty herb narodowy z koroną jagiellońską”. Oprócz tego w omawianych uregulowano stosunki między członkami załogi oraz ich obowiązki. Ponadto w art. siódmym zapisano: „Wszelkim statkom polskim zakazuje się walczyć pod innymi znakami. Za przekroczenie tego przepisu dowódcy, dopuszczający się winy, do surowej odpowiedzialności pociągnięci zostaną”.
Wszystkie dokumenty jasno komunikowały, że polska flota powstańcza, wspierana na arenie międzynarodowej, stała się oficjalną polską marynarką wojenną. Tym samym 10 lutego 1964 roku Rząd Narodowy zatwierdził oficjalnie Władysława Zbyszewskiego jako kapitana i powierzył mu zarazem obowiązki Głównego Organizatora Sił Morskich i Narodowych.
Pierwsza i ostatnia wyprawa
Pierwszym okrętem powstańczym, jaki oficjalnie wypłynął do walki z Rosjanami, był „Kiliński” – dawna „Princess”. Jednostka wyszła w morze z portu w Newcastle. Jak podają znawcy tematu, „na swoim pokładzie miała m.in. 13 dział, 300 karabinów i rewolwerów, 400 szabel, proch, amunicję i 200 sztuk mundurów i butów”. 12 lutego 1864 roku „Kiliński” celem uzupełnienia zapasów zacumował w porcie w Maladze. Hiszpańskie władze zaaresztowały jednak okręt i zajęły sprzęt. Jak dowodzi historyk Andrzej Kotecki, mogli przyczynić się do tego Rosjanie. Jednostkę uwolniono w marcu, kiedy powstanie już upadało.
Mimo niepowodzenia pierwszej wyprawy, „Karp” nie zamierzał porzucić swoich zamiarów. Wypłynął nawet na Sycylię celem zakupu dwóch kolejnych statków. Jednak, jak pisał Stanisław Zieliński, „[…] brak środków na dalsze prowadzenie akcji morskiej musiały siłą rzeczy sprowadzić likwidację floty powstania styczniowego”. Upadły marzenia o polskiej marynarce wojennej, zaś Zbyszewski rozpoczął służbę pod banderą francuską. Zmarł w 1909 roku w Paryżu w wieku 75 lat. W 1933 roku odznaczony przez prezydenta Ignacego Mościckiego Krzyżem Niepodległości z Mieczami.
Plany budowy floty powstańczej spełzły na niczym. Choć podjęto ogromne wysiłki organizacyjne, wyłożono znaczące fundusze oraz zaangażowano wielu ludzi, to podobnie jak podczas powstania listopadowego flota nie stanowiła ważnego elementu powstańczej struktury, co więcej, nie odegrała żadnej znaczącej roli, nie odniosła żadnego sukcesu. Wizje Władysława Zbyszewskiego bez cienia wątpliwości stanowiły jednak podwaliny pod przyszłą polską flotę, utworzoną w 1918 roku już w niepodległym kraju.