O ile dokładna data wybuchu powstania styczniowego nie budzi wątpliwości, o tyle jego zakończenie ogłaszano kilka razy. Gdyby wierzyć rosyjskiemu generałowi Ksaweremu Czengieremu, stało się to już w grudniu 1863 roku. Ale to przecież nieprawda.
Powstańcy długo walczyli ze zmiennym szczęściem. Zwycięstwa przeplatały się z porażkami, przy czym warto uściślić, że sukcesem były również takie starcia, z których Polacy wycofywali się bez większych strat. W pierwszych dniach zrywu ich celem były rosyjskie garnizony – te ataki Rosjanie odpierali. Później oddziały polskie krzepły jednak (m.in. dzięki organizacji obozów, w których uczono ochotników walki), a prowadzona przez nich z konieczności wojna partyzancka przynosiła niekiedy niezłe rezultaty. Mimo to wojska carskie dość szybko przejęły inicjatywę strategiczną. Nie zmieniły tego zwycięstwa odniesione choćby w 1863 roku pod Pieskową Skałą (4 marca), Chruśliną (4 sierpnia) czy Żyrzynem (8 sierpnia), choć zapewne podbudowały one morale powstańców.
Od czerwca do października 1863 roku na czele oddziałów walczących w województwie krakowskim stał płk Zygmunt Chmieleński. W tym czasie stoczył dziesięć bitew, m.in. 6 lipca pod Janowem rozbił dwie roty rosyjskie. Po bitwie pod Jeziorkiem 29 października został szefem sztabu gen. Józefa Hauke-Bosaka. Zakończył swój szlak bojowy 16 grudnia – ciężko ranny trafił do rosyjskiej niewoli po bitwie pod Bodzechowem. 23 grudnia został rozstrzelany.
Tropem Zygmunta Chmieleńskiego przez kilka miesięcy szedł rosyjski generał Ksawery Czengiery, jednak długo nie udawało mu się rozbić polskiego oddziału. Po ujęciu pułkownika Czengiery z dumą informował swoich zwierzchników, że polskie powstanie właśnie się zakończyło. Jego radość była jednak przedwczesna, choć zapewne wywołana wieloma różnymi czynnikami. Latem Rosjanie nasilili walkę z polskimi oddziałami. Na Litwie powstanie krwawo tłumił Michaił Murawjow, a namiestnikiem Królestwa Polskiego został – w miejsce zdymisjonowanego wielkiego księcia Konstantego – Fiodor Berg, który energicznie zabrał się do walki z powstańcami. W październiku 1863 r. wydawało się, że los insurgentów jest przesądzony.
Ratując powstanie
W połowie tego miesiąca na czele powstania stanął Romuald Traugutt. Mimo że objął władzę w trudnym momencie, okazał się niezwykle zdolnym przywódcą. Bardzo szybko przeprowadził wiele reform, m.in. zrezygnował z dotychczasowego podziału wojska na województwa i oddziały, wprowadzając podział na korpusy, dywizje, pułki i bataliony. Zorganizował łączność powstańczą. Nakazał karać śmiercią ziemian zmuszających chłopów do odrabiania pańszczyzny. Napominał dowódców, aby stale przypominali chłopom, że powstańcy walczą także w ich interesie.
Działania Traugutta tchnęły nowego ducha w powstańców. Do końca 1863 roku Rosjanie nie byli w stanie ich pokonać, choć w grudniu rzucili przeciwko nim ponad 400 tys. żołnierzy. Tymczasem przez polskie oddziały przez całe powstanie przewinęło się łącznie ok. 200 tys. ludzi, przy czym w walkach brało udział nie więcej niż 30 tys. powstańców jednocześnie.
Przewaga militarna Rosjan była jednak nie do zniwelowania. Carskie wojska zadawały walczącym kolejne ciosy, powoli tłumiąc powstańczy zryw. Do połowy stycznia 1864 roku walczyli powstańcy pod dowództwem Walerego Wróblewskiego. Pod koniec lutego Rosjanie rozbili oddziały operujące w Górach Świętokrzyskich, którymi w tym czasie dowodzili Apolinary Kurowski i płk Ludwik Topór-Zwierzdowski. Ten ostatni, ciężko ranny w przegranej przez powstańców bitwie pod Opatowem (21 lutego), został skazany na śmierć przez rosyjski sąd polowy. Dwa dni po bitwie powieszono go na opatowskim rynku.
Potężny cios postaniu został zadany 2 marca 1864 roku – car ogłosił wówczas ukaz o uwłaszczeniu chłopów. Dokument głosił przede wszystkim, że uprawiana przez nich ziemia staje się ich własnością. Chłopom nie trzeba było niczego więcej – zaczęli masowo opuszczać powstańcze szeregi. Wydawało się, że tym razem to już naprawdę koniec walki.
Ostatni przywódca
Ogromnym ciosem dla powstania było schwytanie przez władze carskie Romualda Traugutta. Od października 1863 roku mieszkał on w Warszawie przy ul. Smolnej i intensywnie pracował, próbując wskrzesić insurekcję. Rosjanie zatrzymali go w nocy z 10 na 11 kwietnia 1864 roku. Jak do tego doszło? Na początku lutego policja zatrzymała jednego z sekretarzy stanu tajnej administracji. Powód był błahy: późną porą pojawił się na ulicy, nie mając przy sobie obowiązkowej lampki. Po przewiezieniu go na komisariat od razu zaczął sypać współtowarzyszy. W wyniku jego zeznań Rosjanie aresztowali kolejne osoby, aż w końcu dotarli do Traugutta. Po kilku miesiącach, 5 sierpnia 1864 roku, ostatni dyktator powstania został powieszony na stokach warszawskiej Cytadeli. Razem z nim życie straciło jeszcze czterech członków Rządu Narodowego: Rafał Krajewski, Roman Żuliński, Józef Toczyski i Jan Jeziorański.
Wedle najbardziej rozpowszechnionej opinii powstanie zakończyło się z chwilą śmierci jego ostatniego przywódcy, czyli właśnie 5 sierpnia 1864 roku. Namiestnik Berg już jednak kilka tygodni po ujęciu Traugutta twierdził, że to koniec powstania – aresztowanie przywódcy było dla niego równoznaczne z ostateczną klęską Polaków. Podobnie jak wcześniej Czengiery, także on trochę się pospieszył. Mimo że centralne komórki organizacyjne zostały rozbite, to działalność kontynuował naczelnik Warszawy Aleksander Waszkowski. 9 września 1864 roku wydał ostatnią powstańczą odezwę. Aresztowany w grudniu, dwa miesiące później został stracony wraz z Emanuelem Szafarczykiem, także działającym w warszawskich strukturach. Zginęli na stokach Cytadeli. Po ich śmierci Rosjanie nie już urządzali w Warszawie publicznych egzekucji.
Pod wodzą księdza
Wciąż nie składały broni pojedyncze grupy powstańców, przemieszczające się z miejsca na miejsce, a operujące głównie na Podlasiu, Lubelszczyźnie i w Świętokrzyskiem. Jednak i one powoli się wykruszały. Najdłużej utrzymał się oddział dowodzony przez ks. Stanisława Brzóskę.
Ksiądz przystąpił do walki już na samym początku zrywu. Został mianowany naczelnikiem Łukowa (gdzie wcześniej był wikarym) oraz powiatu łukowskiego. Już w drugim dniu powstania wraz z oddziałem złożonym z ochotników z powiatu próbował zdobyć rosyjski garnizon w Łukowie, jednak bezskutecznie. Później jego oddział brał udział w walkach m.in. pod Siemiatyczami, Włodawą, Fajsławicami i wielu innych. W czerwcu 1863 roku ks. Brzóska został mianowany naczelnym kapelanem wojsk powstańczych, i to w stopniu generała.
Oddział Brzóski został rozbity późną jesienią 1864 roku. Ksiądz wraz ze swoim adiutantem Franciszkiem Wilczyńskim zdołał jednak umknąć Rosjanom. Obaj ukryli się we wsi Krasnodęby-Sypytki w okolicach Sokołowa Podlaskiego, udało im się przetrwać do wiosny 1865 roku. W kwietniu nastąpił koniec. Rosjanie najpierw ujęli Antonię Konarzewską, która jako kurier Rządu Narodowego próbowała dostać się do księdza. Po brutalnym przesłuchaniu kobieta ujawniła jego kryjówkę. W teren natychmiast wyruszyły oddziały carskie. Otoczyły wieś szczelnym pierścieniem wojsk, uniemożliwiając poszukiwanemu ucieczkę. Bohatersko walczący do ostatniej chwili Brzóska odniósł ciężkie rany. Rosjanie ujęli go i postawili przed sądem polowym. Wyrok był surowy: powieszenie. Ksiądz i jego adiutant zostali straceni 23 maja 1865 roku na rynku w Sokołowie Podlaskim. Egzekucji przypatrywał się 10-tysięczny tłum. Po śmierci księdza nareszcie możliwe było sporządzenie dla cara raportu o ostatecznym zdławieniu powstania.
Nad Bajkałem
Właściwie na tym można by zakończyć historię Powstania Styczniowego. Tyle że nieco ponad rok od śmierci ks. Brzóski, tysiące kilometrów na wschód od Królestwa Polskiego, miało miejsce wydarzenie uważane za ostatni akord insurekcji.
W wyniku popowstaniowych represji większość żołnierzy walczących w powstaniu zesłano na wschodnią Syberię. Ponoć niektórzy już w drodze na wschód myśleli o wznieceniu buntu. W końcu czerwca 1866 roku nad Bajkałem ok. 250 zesłańców poderwało się do walki. Rozbroili strażników, odebrali im broń. Planowali przedrzeć się do Chin. Mieli też nadzieję na pomoc miejscowej ludności, także uciskanej przez władze carskie. Liczba uczestników buntu rosła, gdyż dołączała do nich część zesłańców uwalnianych przez powstańców z okolicznych miejsc zsyłki.
Walczący przeliczyli się: lokalna ludność wsparła wojsko carskie, a przeciwko sześciuset, siedmiuset powstańcom Rosjanie rzucili kilka tysięcy wojsk. Buntownicy – jak mówili o nich Rosjanie – próbowali się chronić w tajdze, nie znali jednak terenu. Carscy żołnierze szli za nimi krok w krok, rozbijając kolejne grupy. Ostatnie pokonali w końcu lipca 1866 roku. W listopadzie czterej przywódcy powstania: Narcyz Celiński, Gustaw Szaramowicz, Władysław Kotkowski i Jakub Reiner zostali skazani na śmierć i rozstrzelani. Pozostałych uczestników zrywu ukarano, skazując na dożywotnią katorgę lub wydłużając czas zesłania.
Tym razem był to definitywny koniec Powstania Styczniowego.