Władze carskie w ramach represji związanych z powstaniem postanowiły też rozwiązać sprawę zakonów. W opinii urzędników rosyjskich „w takiej postaci w jakiej po większej części działało ono w Polsce, było zarazą dla samego narodu polskiego: takie bowiem obłudne używanie religii dla widoków światowych jest i najniebezpieczniejszym źródłem moralnego zepsucia i upadku. Może ono skazić całe pokolenia, jak wpływ jezuitów dowiódł tego wyraźnie w Polsce”. Kwestię likwidacji zakonów poruszył w swoim raporcie z Królestwa Polskiego Mikołaja Milutin, który badał sytuację państwa jesienią na zlecenie cara. W czerwcu Aleksander II wydał decyzję o utworzeniu komisji specjalnej do spraw zakonnych. 4 lipca minister do spraw Królestwa, poufnie powiadomił namiestnika, że car nakazał niezwłoczną likwidację zakonów. 6 dni później Fiodor Berg powołał komisję. Na jej czele stanął Książę Włodzimierz Czerkasski, dyrektor główny komisji rządowej do spraw wewnętrznych. Sprawę trzymano w całkowitej tajemnicy. „Nie szczędzimy niczego, by otoczyć nasze plany najściślejszą tajemnicą. Szybka reforma klasztorna nie tylko ułatwi wykonanie, lecz wywrze również większe wrażenie na umysły” – pisał Milutin do Czerkasskiego. Komisja pracowała szybko, bo już 8 listopada car wydał ostateczny ukaz. „Podlegają niezwłocznemu zamknięciu wszystkie te klasztory Rzymsko-Katolickie w Królestwie Polskim, które brały jawny i udowodniony udział w buntowniczych działaniach przeciw ko Rządowi”, likwidacji miały też ulec klasztory ze zbyt małą liczbą mnichów. Nawet ten ukaz trzymano w tajemnicy. Odczytywano go dopiero w trakcie likwidacji poszczególnych domów zakonnych. W Warszawie do akcji likwidacyjnej doszło w nocy z 27 na 28 listopada. Zlikwidowano ich 7 : augustianów, bernardynów, dominikanów, kapucynów, karmelitów bosych, misjonarzy i trynitarzy. Właśnie 28 listopada ukaz został oficjalnie ogłoszony. W sumie zlikwidowano 110 ze 155 klasztorów męskich, 4 z 42 żeńskich. Kasacja zakonów doprowadziła do otwartego konfliktu ze Stolicą Apostolską, zakończonego ostatecznym zerwaniem stosunków dyplomatycznych.
