Był jednym z ostatnich aresztowanych członków władz powstańczych na Litwie. Do zrywu przystąpił wbrew sobie. „Nie krwi, której do zbytku przelało się na niwach Polski, ale potu ona potrzebuje” – pisał w liście do brata. Kalinowski był absolwentem Akademii Inżynierii Wojskowej i w 1863 r. miał stopień kapitana. Pracował przy rozbudowie twierdzy w Brześciu Litewskim. Po wybuch walk, poprosił o dymisję z wojska. Otrzymał ją w maju 1863 r. Dostarczył Rządowi Narodowego plany twierdz rosyjskich. Latem objął Wydział Wojny w Wydziale Wykonawczym na Litwie. Jak pisał prof. Stefan Kieniewicz, był kuzynem słynnego powstańca i od pewnego momentu dowódcy na Litwie – Konstantego Kalinowskiego. Jego poglądów nie podzielał. Sam w walkach nie uczestniczył. Zajął się organizacją oddziałów i ich aprowizacją. Działalności zaprzestał w grudniu – uznając, że powstanie upadło. „W późno spisanym pamiętniku twierdzi, że tuż przed aresztowaniem otrzymał od Traugutta manifest ogłaszający ‘zwinięcie powstania’. Rzecz oczywiście nie do przyjęcia, wobec tylu autentycznych wypowiedzi Traugutta (…) Można co najwyżej przypuszczać, że Traugutt w owym piśmie godził się z myślą zaniechania walki na Litwie” – pisał prof. Kieniewicz. Aresztowany początkowo nie przyznał się do udziału w powstaniu. Później zmienił zdanie obawiając się represji wobec rodziny. Komisja śledcza uznała go winnym „pełnienia obowiązków kierownika sił zbrojnych na Litwie i redagowania rozporządzeń co do kierowania partiami powstańczymi”. Sąd skazał go na karę śmierci. Karę ostatecznie zmieniono na katorgę na Syberii. Trafił do Usoli, gdzie pracował w warzelni soli. „Bóg zsyła chmury dlatego, żeby słońce żywiej jaśniało” – pisał o warunkach zsyłki. W czasie pobytu na Syberii starał się wspierać bardziej potrzebujących. „Piszę otwarcie, nędza tu wielka, w Kraju zawsze łatwiej o grosz, jak w Syberii - obojętnym być trudno” – tłumaczył się ze stawianego mu przez rodzinę zarzutu rozrzutności. Po ogłoszeniu częściowej amnestii przeniósł się do Irkucka, gdzie pracował jako domowy nauczyciel. Wrócił do Polski w 1874 r. Był wychowawcą m.in. księcia Augusta Czartoryskiego, późniejszego salezjanina i błogosławionego. W 1877 r sam też wstąpił do zakonu karmelitów bosych w Austrii i przyjął imię brat Rafał od św. Józefa. Święcenia kapłańskie otrzymał 5 lat później. Założył klasztor w Wadowicach, gdzie umarł w 1907 r. W 1991 r. został kanonizowany.
