W Galicji mówiło się o nim nawet przesadnie: „Polski Robespierre”. Na pewno był jednym z bardziej radykalnych konspiratorów. „Naród, który się własnymi siłami postawić nie potrafi, prawa do istnienia nie ma” – pisał, chcąc by planowane powstanie objęło wszystkie trzy zabory. Jeszcze przed jego rozpoczęciem należał do radykalnej, młodzieżowej organizacji Ława Krakowska. Jego działania sięgały poza teren krakowskiego, współorganizował m.in. spotkania z przedstawicielami warszawskiego Centralnego Komitetu Narodowego. Znalazł się we władzach utworzonej latem 1862 roku Rady Naczelnej Galicyjskiej. Początkowo był blisko związany ze stronnikami gen. Ludwika Mierosławskiego, później z innymi odłamami ruchu Czerwonych. Program Kubali był radykalny – poza powstaniem w trzech zaborach opowiadał się za zniesieniem szlachectwa i uwłaszczeniem chłopów. Sam wybuch zrywu zaskoczył członków Ławy Krakowskiej i została ona rozwiązana. Po upadku dyktatury Mariana Langiewicza Kubala twierdził nawet, że zbrojną walkę trzeba zakończyć. Uaktywnił się ponownie latem. Zaczął wydawać pismo „Ojczyzna”; napisał też broszurę Uwagi przez pewnego, w której znów domagał się rozszerzenia powstania na wszystkie zabory. Krytykował również poprzednie rządy powstańcze. „Zdawał się go chcieć ochronić od zbytniego krwi rozlewu – nie chciał obarczać narodu podatkami i odrywać obywateli od żniwa i młocki. Naród modlił się do Boga, a Jego pomocy pokładał jedyną nadzieję. Rząd żebrał je u wszystkich tronów i u cara zarazem”. We wrześniu stanął na czele utworzonej w Krakowie Straży Narodowej. Podczas aresztowania i towarzyszącej mu rewizji znaleziono przy nim projekty wywołania w Galicji zrywu przeciw Austrii. W marcu 1865 roku skazano go na pięć lat więzienia i konfiskatę majątku, lecz pod koniec tego roku został ułaskawiony. Później skończył studia i zajął się badaniami historycznymi. Na początku lat osiemdziesiątych XIX wieku opublikował dwa tomy szkiców historycznych, które przyniosły mu sławę. To pod ich wpływem Henryk Sienkiewicz odstąpił od pisania powieści o Władysławie Warneńczyku i zaczął pisać „Trylogię”. Cała jego twórczość liczy kilkaset pozycji. Ostatnie lata spędził we Lwowie, gdzie był m.in. prezesem Towarzystwa Historycznego. Zmarł we wrześniu 1918 roku, trzy tygodnie po swoich osiemdziesiątych urodzinach.
