Różne pojawiają się daty aresztowania Krajewskiego. Na ogół przyjmuje się datę 10 marca, ale na przykład Walery Przyborowski, powstaniec i kronikarz zrywu – przesuwa ją o 4 dni. „Jakoż koniec ten zbliżał się teraz bardzo szybko. Ciągłe aresztowania i indagacye prowadzone przez Tuchołkę, powoli odsłaniały sam Rząd i jego Prezesa. W dniu 6 Marca przyaresztowano Rafała Krajewskiego, Dyrektora Wydziału Spraw Wewnętrznych. Był to znak, że policya rosyjska jest na tropie najwyższych dostojników władz powstańczych”. Stefan Pomarański – przedwojenny historyk – w artykule w „Przeglądzie historycznym” pisze jednak „Pierwszy raz imię Krajewskiego podał 8 marca 1864 r. więziony Emil Lauber, który zeznał, że w domu Szpakowskiego na ulicy Smolnej (gdzie Krajewski mieszkał), - odbywały się posiedzenia spiskowe,(…) Oczywiście wystarczyło to do odnalezienia i uwięzienia Krajewskiego. Aresztowany 9 marca i badany po raz pierwszy 11-go, nie od razu przyznał się do udziału w organizacji i w Rządzie Narodowym”. Stefan Kieniewicz w monografii powstania styczniowego wymienia zaś datę 11 marca. Nie ma pewności jaką funkcję pełnił wówczas Krajewski w organizacji narodowej. On sam pod koniec kwietnia złożył deklarację: „oświadczam zgodnie z prawdą, iż byłem dyrektorem Wydziału Spraw Wewnętrznych. Wiem, co mnie za to czeka. Prawo ludzkie każe minie powiesić; — prawo boskie nakazuje mi ludziom krzywdy nie czynić. Niechaj będę powieszonym, a ludzi na zgubę nie wydam”. Krajewski twierdził, że był szefem wydziału bez przerwy do chwili aresztowania. Przyborowski – uważa jednak inaczej. „Traugutt niedługo usunął z tego stanowiska, bo jakkolwiek wiedział, że jest to człowiek idealnej czystości charakteru, ale mistyk, doktryner, przyzwyczajony wreszcie za poprzednich rządów do pewnej samodzielności w swym wydziale, niechętnie ulegał rozkazom Traugutta i nie mógł się pogodzić z tem, że ma być ślepym i niemym wykonawcą jego woli. Został on wprawdzie w tym wydziale, lecz zwierzchnictwo nad nim objął ks. Jan Tadeusz Lubomirski, ale przyaresztowany w parę dni później i wywieziony, oddał sprawy wewnętrzne D-rowi Dybkowi”. Nikołaj Berg – rosyjski historyk powstania i dziennikarz, pisze jednak o nim, że to „niezmordowany dyrektor spraw wewnętrznych, Krajewski, który pracował za czterech, nie zwracając uwagi na trzask i chaos walącej się już budowy”. Po aresztowaniu został poddany brutalnemu śledztwu z biciem, głodzeniem i trzema tygodniami ciemnego lochu. Mimo tego nie dał się złamać. Skazany na śmierć w lipcu został powieszony na stokach Cytadeli 5 sierpnia wraz z innymi członkami organizacji narodowej w tym Romualdem Trauguttem.
