Nie miały żadnych dowodów władze carskie, a i tak postanowiły aresztować księdza Foltańskiego. „Zebrane przeze mnie wiadomości mówią, że przeciw księdzu nie ma żadnych faktycznych danych, które by stwierdziły jego udział w powstaniu” – można przeczytać w rosyjskich dokumentach. Władze carskie podejrzliwie przyglądały mu się jednak od dawna. Ksiądz Foltański był regensem seminarium duchownego w Sandomierzu. Według urzędowych danych z kwietnia 1863 r. 11 alumnów seminarium „opuściło swój zakład wychowawczy i poszło do powstania”. Księdza dodatkowo mieli pogrążyć chłopi z miejscowości Góry Wysokie, którzy donieśli jakoby ks. Foltański oraz Kryspin Świeżyński, dzierżawca miejscowych dóbr, po bitwie pod Słupczą 8 lutego 1863 r. urządzili polowy szpital, a także umożliwili ucieczkę niektórych z powstańców do Galicji. Świeżyński zdążył wyjechać do Krakowa. Foltański został zatrzymany. W pisemnym wyjaśnieniu powodów czytamy: „wydaje się na oko obojętnym na wszystko i myśli tylko o wypełnieniu obowiązków swego powołania, każdy, kto miał możność go poznać i obserwować, twierdzi, że pod tą chłodną powierzchownością kryją się głębokie uczucia, skrajnie ‘rewolucyjny’ nastrój i fanatyczna nienawiść do wszystkiego, co rosyjskie”. Do tego dopatrzono się jego przyjaźni z ks. Kacprem Kotkowskim, proboszczem z Ćmielowa, naczelnikiem cywilnym, a następnie komisarzem pełnomocnym Rządu Narodowego na województwo sandomierskie. „Sam się niczym nie zdradził” – bezradnie rozkładali ręce śledczy. Także drobiazgowa rewizja nie przyniosła żadnych rezultatów. W związku z brakiem jakichkolwiek dowodów, a także interwencją biskupa kieleckiego, Foltański został zwolniony po 12 dniach. Jak napisano w raporcie „nie należałoby go zostawiać na stanowisku regensa seminarium diecezjalnego, gdzie bez wątpienia może mieć najgorszy wpływ na młode umysły alumnów”. Zgodnie z wytycznymi w 1868 r. Foltański został pozbawiony stanowiska rektora Seminarium przez gubernatora radomskiego. Mimo ponawianych przez biskupa próśb władze odmówiły przywrócenia go na stanowisko zarówno w 1874, jak i 1878 roku. Nałożono na niego kontrybucję w wysokości 100 rubli i został przeniesiony z Sandomierza do Gór Wysokich. Tam zmarł w 1880 r. w wieku 51 lat.
